L'utilitaire dos2unix (ainsi que son symétrique unix2dos) permet de convertir des fichiers texte de Unix vers Dos et inversement...
Pour installer ces utilitaires :
# apt-get install sysutils
Puis pour convertir un fichier dos vers le format unix :
$ dos2unix file.dos
Et pour convertir un fichier unix vers le format dos :
$ unix2dos file.unix
Cette dernière ligne remplacera tout le fichier. Par contre, si vous voulez garder l'ancien fichier et en créer un nouveau utilisez plutôt :
$ unix2dos < file.unix > file.dos